Kampung Jaha Desa Sukamaju Labuan pada 1930. Pada 1930 di kampung ini sudah berdiri pesantren, tetapi nama pesantren itu tidak jelas diketahui. Barangkali pimpinan pesantren tidak begitu peduli dengan nama, dengan sebutan. Pesantren itu dikelola oleh KH. Yusuf Syamaun dan dihuni kurang lebih 200 santri dari beberapa daerah di Banten dan luar Banten. Beberapa di antaranya berhasil menguasai ilmu agama, menjadi kiyai di kampungnya masing-masing.Setelah KH. Yusuf Syamaun wafat, tak ada lagi aktivitas di pesantren. Satu persatu santri pergi meninggalkan pesantren, yang tersisa hanya kobong (kamar santri) yang berserakan. Sepeninggal KH. Yusuf Syamaun, pesantren ini diteruskan dan dikelola oleh anaknya Hj. St Masitoh dan menantunya KH. Asnawi Sodiq.
Tetapi mereka tidak bisa mengulang kesuksesan seperti yang telah dibangun KH. Yusuf Syamaun, tidak ada santri yang menetap.
Pada 1963, KH. TB. Rafe’i Ali, menantu Hj. St. Masitoh, melanjutkan pengelolaan pesantren. Ia membenahi dan memimpin pesantren. Ia (KH.TB. Rafe’i Ali) pun memberi nama Pesantren Annizhomiyyah. Nama pesantren ini diadopsi dari salah satu madrasah di Baghdad, Nizhamiyah (didirikan oleh Wazir Nizam al-Mulk), di mana salah satu filsuf besar Islam Al Ghazali pernah duduk di bangku madrasah Nizhamiyyah dan menjadi guru besar (1090 M) di madrasah itu.
Pesantren Annizhomiyyah pada mulanya hanya mengembangkan dan mengkaji kitab kuning. Kitab nahwu (tata bahasa) dan kitab fiqh menjadi ciri khas dari pesantren ini. Lalu untuk memenuhi keinginan masyarakat pada pendidikan umum dan tuntutan perubahan, maka di pesantren ini didirikan madrasah, sekolah yang memadukan unsur agama dan umum. Pada tahun 1964 di pesantren ini didirikan Madrasah Ibtidaiyyah (saat ini siswanya berjumlah 120 orang).
Pada tahun 1965 didirikan Madrasah Tsanawiyah (saat ini siswanya berjumlah 344 orang). Pada tahun 1975 didirikan Madrasah Aliyah (saat ini siswanya berjumlah 207 orang). Pada tahun 2000 didirikan TK (saat ini jumlah siswanya 80 orang). Semuanya di bawah naungan Yayasan Syekh Yusuf Syamaun, yayasan yang disahkan/berdiri pada tahun 1989.
Hingga kini santri yang menetap di pesantren ini berjumlah 70 orang, 40 orang santri laki-laki dan 30 santri perempuan. Mayoritas berasal dari daerah Banten. Ada juga santri yang berasal dari luar Banten, seperti dari Jakarta, Sukabumi, Lampung, dst. Aktivitas pengajian santri diadakan pada sore hari (ba’da asar) dan pada malam hari (ba’da isya). Pada sore hari pengajian diadakan secara sorogan, sementara pada malam hari pengajian dipimpin langsung oleh pengasuh pesantren.
Pesantren ini berusaha terlibat dengan masyarakat. Pada setiap malam (kecuali Kamis malam), beberapa anggota masyakat mengikuti pengajian di pesantren (menjadi santri kalong). Pada Kamis malam, pengasuh pesantren mengadakan pengajian rutin untuk bapak-bapak, dan pada Jum’at sore diadakan pengajian untuk ibu-ibu di sekitar pesantren.
Pesantren ini pun terbuka untuk umum, bahkan untuk kalangan di luar Islam. Pada 15 November 2007, pesantren ini dikunjungi oleh 15 orang para calon pastur dari STF Driyarkara Jakarta. Mereka menjadi santri selama satu hari, berinteraksi dan berdialog dengan santri dan masyarakat. Lalu pada 3-6 Januari 2008 pesantren ini pun pernah mengadakan “Live in pemuda lintas iman” yang dihadiri 40 peserta dari beraneka macam agama.
Pelaksanaan Program ODEL
Program kesetaraan paket B diikuti 47 orang, Paket C 63 orang dan pengguna komputer 400 orang. Kegiatan diluar program kesetaraan antara lain mengadakan putar film dan diskusi dengan masyarakat sekitar. Film yang diputar adalah film yang mengandung unsur edukasi dan semangat untuk berjuang demi perubahan kearah yang lebih baik.
